Relegaciones bajo González Videla
El 21 de mayo de 1949, Juan Vargas Puebla finalizó su período como diputado. Continuó trabajando activamente como consejero de la CTCH. El 8 de septiembre fue detenido por agentes de Investigaciones y relegado a Pisagua. De ahí enviado a Belén un poblado en la Cordillera a 3.300 metros de altura. Después llevado al puerto de Taltal, para conducirlo a la isla de Melinka en el extremo austral de Chile.
La victoriosa huelga de los trabajadores de febrero de 1950, obligó al traidor a dejar en libertad a prisioneros y relegados políticos.
Juan Vargas regresó a Santiago y de inmediato reanudó su actividad como consejero nacional de la CTCH.
En febrero de 1953 participó en el Congreso Constituyente de la Central Única de Trabajadores de Chile, siendo designado tesorero nacional.
También bajo Ibáñez
El ex dictador Carlos Ibáñez del Campo, inició su gobierno en 1952 con una actitud paternalista hacia los trabajadores. Pero pronto volverá por sus andadas antipopulares. A partir de mayo de 1954 comenzó a reprimir a los dirigentes de los trabajadores. Uno de los que sufrió la represión ibañista fue Juan Vargas. El viernes 22 de octubre de 1954, agentes de Investigaciones irrumpieron en su hogar y lo detuvieron. No le dejaron llevar ni lo más indispensable. Lo relegaron a Putre en plena Cordillera a 3.500 metros de altura, donde permaneció cerca de dos meses. Pudo regresar a Santiago el jueves 13 de enero de 1955, luego que el Parlamento rechazó el Estado de Sitio, lo que obligó al gobierno a liberar a los relegados.
El jueves 5 de enero de 1956 fue detenido nuevamente y enviado a la cárcel de la capital, donde estuvo 119 días. En virtud del proceso por convocar al paro nacional de la CUT de enero de 1956 fue relegado a San Javier el 5 de abril de 1957, donde permaneció hasta el 22 de octubre de ese año.
En las elecciones de abril de 1967 fue elegido regidor de la Municipalidad de Santiago.